目前专家们多将其作为回顾性诊断或是是初筛，不作为确诊依据。要诊断生殖器疱疹，实验室是很重要的。
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染泌尿生殖器及肛门部位黏膜引起的一种性传播。单纯疱疹病毒有1型和2型，1型疱疹病毒是引起口唇疱疹的病原微生物，而多数生殖器疱疹是由2型病毒引起，少部分是由1型引起的。
有的人外生殖器会出现丘疹、水疱、糜烂、溃疡等典型，有的人只表现为非特异性红斑、丘疹、毛囊炎等不典型皮损，还有一部分人是没症状的病毒携带者。
目前常用的方法有：1.病毒的分离与培养;2.细胞学检查;3.抗原检测;4.基因检测法;5.血清学检查。前4种方法是取病变部位的皮损来检测，有比较大的诊断价值。血清学检测（即抽血查抗体）主要是通过检测血液中的抗单纯疱疹病毒抗体来诊断。仅仅抽血检测一次阳性，就下生殖器疱疹的诊断是偏面的。
一般应该在急性发病期和恢复期取双份血清检查，如果恢复期血清抗体滴度是急性期抗体滴度的4倍或4倍以上，则证明患者感染了或曾经感染过单纯疱疹病毒，但不能区分是1型还是2型感染，也就是说对于没有症状者不能判定是口唇感染，还是生殖器感染。所以，目前专家们多将其作为回顾性诊断或是是临床初筛，不作为确诊依据。