短程疗法只适用于尿路浅表黏膜的感染，而对于下列情况则不适用：①肾盂肾炎；②男性UTI；③病程超过7天；④同时存在尿路结构或功能异常；⑤免疫抑制状态；⑥保留尿管；⑦存在耐药菌感染的可能时。女性单纯性膀胱炎治疗前可不必做尿培养，如果患者症状缓解，则表明治愈；如果症状持续存在，则应进一步做尿培养，培养阳性再根据药敏试验结果再治疗14天；如果培养阴性，但镜检有脓尿，则应怀疑为沙眼衣原体感染引起的急性尿道综合征，可采用四环素或磺胺治疗7～14天，同时要治疗其性伴侣，否则会出现交互感染。
治疗后
单纯性膀胱炎时，感染只局限于膀胱的浅表黏膜，有效的治疗取决于尿中抗生素的浓度，而与组织中抗生素的浓度无关。现在对于女性急性单纯性膀胱炎多采用短程疗法，即口服抗生素3天。常用的抗生素有甲氧苄啶——磺胺甲噁唑（TMP-SMZ）和氟喹诺酮类（如诺氟沙星、环丙沙星、氧氟沙星）。有人曾主张单剂疗法，但是由于不能有效地清除肠道及阴道中寄生的尿路致病菌，因此复发率较高；而疗程超过5天不仅产生耐药菌的机会增加，而且疗效无明显提高。β-内酰胺类抗生素因为耐药菌较多，并且可以破坏肠道和阴道中正常菌群的生长而促进尿路致病菌的生长，因而疗效相对较差。