肛瘘手术既要求根治疾病，又要求保留肛门的正常功能，这是非常困难的。对此，专家表示，肛瘘手术或致肛门失禁，下面专家为大家具体介绍其原因。
如果手术中只强调根治疾病，盲目切断肛门括约肌，结果造成肛门畸形及肛门功能的丧失;如果为了保护肛门括约肌功能，术后又面临肛瘘复发的问题这种疗效和肛门功能难以兼顾的矛盾是肛瘘，尤其是高位肛瘘治疗中存在的主要问题。
高位肛瘘是目前国内外公认的医学难题。因此在肛瘘手术时，必须遵循治疗原则，选择疗效最好、损伤最小的手术方式。随着对肛瘘原发病灶病理传变的认识，进而明确了切断肛门括约肌并非必要，于是保存肛门括约肌的手术方式得到较快的发展。
基于原发病灶是引起肛瘘的主要原因，因此提高肛瘘手术成功的关键是彻底去除病因及完全切除内口，对于继发性病变的处理则应尽量保存括约肌，减少术后肛门畸形和术后功能障碍，同时对手术所造成的括约肌缺损采用缝合等方法以减少后遗症的发生。
国内学者在继承中医学传统疗法的基础上进行不断的手术改进，使这一难题虽未能彻底解决，但可以说已取得重大突破，其中做得较好的是目前国内广泛使用的切开挂线疗法和主灶切开、对口引流术。