肛瘘术后的复发率较其他肛肠病要高，其复发的原因有以下几点：
一、内口处理不当：肛瘘的内口不明显，手术时内口没有被正确找到，手术时未能将感染的原发灶即内口彻底清除，甚至手术中用探针检查而造成假内口，处理了假内口而未能正确处理真内口而导致复发。
二、内口复杂：极少数肛瘘有两个或两个以上的内口，由于手术中寻找内口不完全，未能正确处理而复发。
三、肛门腺处理不当：据近年来研究发现，肛门腺的感染是肛瘘的重要病因，因此既要完整的切除内口，又要将内口附近有关系的肛门腺及肛门腺导管完整切除，才能避免术后复发。
四、瘘管的支管及残腔、窦道的处理不彻底：手术当中，对瘘管的支管、残腔、窦道的检查不彻底，未能全部发现或未能正确处理，导致了术后创面的引流不畅而复发。
五、病灶复发：多次手术后，局部瘢痕严重，解剖层次不清，瘘管不完整，术中不能完全切开病灶而致术后复发。
六、术后换药不合理：换药时未能使创面保持引流通畅，或对愈合过程中产生的问题未能及时发现及解决而致术后复发。
七、其他疾病：如把化脓性汗腺炎、克隆病、骶前囊肿、畸胎瘤等所形成的窦道或瘘管误作肛瘘施行手术而未能够解决根本问题而导致复发。