最简单而有意义的检查是反复多次查大便常规，根据大便镜检白细胞的有无及多少，可初步区分感染性腹泻或非感染性腹泻。其次是病原学检查，各种细菌培养、查阿米巴原虫及病毒等，有些项目需要有一定条件，但如获阳性结果，有确诊意义，并可指导治疗。此外，尚可进行下列检查：
对慢性腹泻有鉴别诊断意义的方法
(1)肛门指诊：简单易行，直肠癌大部分在直肠，均可通过肛门指诊触及，故对于诊断直肠癌极有意义。
(2)乙状结肠镜检查：简单易行，检查1次只需5分钟，痛苦小，可直接看到肠粘膜病变，并可在检查过程中取肠粘膜活检及作肠拭子细菌培养，阳性率高，故对于鉴别诊断意义大。
(3)纤维肠镜检查：可以从肛门看到回盲部，视野清晰，检查全面、直接，可以发现比较轻微、范围小的病变，可摄片、拍电影录像，是最有意义的鉴别诊断方法，值得推荐。目前纤维肠镜在全国范围内比较普及。部分患者在检查过程中感到腹痛明显，偶有诱发冠心病者或导致肠穿孔，但只要术者细致，是可以避免的。
(4)钡灌肠：部分患者，肠道狭窄或痉挛，肠腔不易通过，需要进行钡灌肠。可观察全结肠病变，且钡灌肠更为安全，痛苦小，可弥补纤维肠镜之不足