在我国市场上，发改委批准的原研药厂家的专利过期药价格基本上都远高于仿制药。像2005年第17次药品降价的头孢曲松钠，常用的0。5g规格的普通药品规定最高零售价是5。9元，而作为原研制药品的罗氏芬则要55。2元，两者相差9。36倍；6片装规格为250mg的阿奇霉素片剂，普通产品的最高零售价是21元/盒，辉瑞公司的同规格原研产品希舒美则要80。6元/盒，两者价格相差接近4倍。按理说，价格低是优势，市场销量会更大。那么，高定价的专利过期药为什么会引起仿制药厂商的强烈不满，而仿制药厂商又以能够为自己生产的药品取得单独定价而骄傲呢？
在某些情况下，中国药品“价格越高、折扣越大、销量越大”。出现这种情况的原因，主要在于药品的终端用户也就是患者没有自主选择权，采用与否的决定者与付费者不同一，患者只能被动接受医生的建议。在目前医药不分的体系下，医生当然愿意开高价的药品，从而获取高额回报。据业内人士估计，医生回扣大约占药品零售价的20%左右。据了解，国内生产的大部分西药真正的生产成本还不到零售价的5%。比如一种名为“恩丹西酮”的化疗止吐药，规格为8mg/支，在售价大约为80～90元，但是其平均每支的原料成本不足1元，加上包装及工资、管理等，成本也不到零售价的5%。这种药的零售价中，医院和医生拿到了50元左右。另一方面，仿制药厂商能够获得药品的单独定价，既可以在目前的医疗体制下有更多的周旋余地，也说明其生产的药品质量更加优越，对于提升自身的知名度，打开更大的市场空间有很大帮助。仿制药与专利过期药的价格差异有其历史原因，解决起来虽非易事，亦有可能：增加患者选择同种药品不同品牌不同价位的权利，减少医生在患者选择药品时的影响，通过市场化的手段来弱化权力寻租发生的可能。然而果真如此的话，卫生部又要在医疗改革的方案中认真考虑如何补偿医院和医生在药品中遭受损失的问题了。
在美国，药品价格体系似乎比较简单，在专利保护期内只有一个产品，也只有一个价格。当药品的专利过期时，专利药的市场份额将迅速被仿制药占领，而仿制药厂商所生产的药品价格则通过公开的市场竞争达到一个相对合理的低价位。然而在中国，药品价格体系非常复杂，即使专利过期，仍然存在发改委等部门对于仿制药的最高限价，还有一部分药品具有单独定价的权利。根据2001年国家计委（发改委的前身）发布的《关于单独定价药品价格制定有关问题的通知》，企业生产经营列入政府定价范围的药品，因其产品有效性和安全性明显优于或周期和治疗费用明显低于其他企业同种药品、且不适宜按《政府定价办法》（计价格[2000]2142号）第六条规定的一般性比价关系定价的，可以申请单独定价。
专利过期药与仿制药之间是否真的存在疗效上的差异呢？据美国注册护士学会（ASRN。org）一项全国范围的在线调查显示，截至2008年4月底，接受调查的781名注册护士中有41%认为，仿制药疗效不及专利药。调查分析认为，专利药和生物等效的仿制药之间血液吸收的平均差异通常是3。5%，远小于最低标准，与专利药间的差异具有可比性。有医生认为专利药和仿制药的差异有时会影响药物发挥作用，特别是在药物剂量要求非常准确的情况下。某些情况下，患者需要在相当长的一段时间里保持一个恒定、精确的血药水平，对于癫痫、哮喘、、心脏病、以及甲状腺疾病的患者而言，换药可能会打破这种药物精确的平衡。有医生认为，在药物的治疗剂量和毒性剂量差别较小（即研究者所谓的治疗窗较窄）的情况下，专利药通常是最佳选择。理论上认为，仿制药和专利药是一样的，因为FDA要求仿制药必须具有和专利药相同的质量、浓度、纯度和稳定性。然而，非活性成分可能是药物间的差异之一。但是，对于大多数疾病来说，仿制药与专利药微小的差别不足以对病人的病情造成显着影响。况且，并非所有的仿制药效果都会差于专利药。