特发性血小板减少性紫癜的发生主要是由于患者血清中存在着免疫性抗体，使血小板存活期缩短，血小板破坏增加，血小板减少。特发性血小板减少性紫癜发病原因有以下因素：
感染发生时，巨噬细胞上的Fc受体和C3b受体数量增多，亲和力增高，使裹有PAIgG的血小板更易被破坏。同时，细菌可直接损害巨核细胞，使血小板的产生减少。
特发性血小板减少性紫癜患者中，NK细胞的数目正常但其活性降低，它与患者T细胞免疫功能的异常一起，导致了B细胞分泌抗体，从而引起了血小板的破坏。
特发性血小板减少性紫癜曾在单精合子的双胞胎和几个家族中发现，同时还发现在同一家族中有自身抗体产生的倾向。但是目前的研究还没有确凿的证据表明特发性血小板减少性紫癜的发病与特异性主要的组织相容性抗原的多态性有关。
血小板来源于骨髓巨核细胞，离开骨髓腔后1/3被滞留于脾。研究认为，抗血小板抗体的合成首先在脾脏，被抗体结合的血小板也主要是在脾破坏，其次是肝，肝破坏受体作用较重的血小板，破坏也较急剧，血小板更新率加速4～9倍。
慢性型特发性血小板减少性紫癜多见于女性，青春期及绝经期前易发病，妊娠期有时复发，可能是由于雌激素抑制血小板生成及刺激单核-巨噬细胞对抗体结合血小板的清除能力所致。