关于新生儿黄疸的病因病机，中医从湿热蕴结、脾胃虚寒、瘀积发黄三方面来考虑。
由于孕母内蕴湿热，传入胎儿;或胎产之时，出生之后感受湿热邪毒而发。正如《证治准绳》所说：“皆因乳母受湿热而传于胎儿也。”《医宗金鉴》也说：“儿生遍体色如金，湿热熏蒸胎受深。”胎儿因其脏腑娇嫩，形气未充，脾运不健，感受湿热之邪不能输化，郁结于里，气机不畅，郁蒸肝胆，以致胆汁外泄，出生后泛溢于肌肤面目，因而发黄。由于湿从热化，热重于湿，故黄色鲜明，常伴热象，属阳黄。如果热毒炽盛，卒然发黄，邪陷厥阴，黄疸迅速加深，并伴神昏、抽风等证，则为急黄，见于高胆红素血症。
胎儿先天禀赋不足，脾阳素虚，阴寒内生，复受胎内孕母之湿所传，或生后为寒湿所侵，蕴蓄脾胃，脾阳受困，寒湿阻滞，以致气机不畅，肝失疏泄，胆汁外溢而发为黄疸。因为湿从寒化，黄色晦暗，精神疲软，属阴黄。清代《临证指南医案》说：“阴黄之作，湿从寒化，脾阳不能化湿，胆液为湿所阻，渍于脾，浸淫肌肉，溢于皮肤，色如熏黄。”
小儿禀赋虚弱，湿热内阻，气机不畅，肝胆疏泄失常，以致气滞血瘀，脉络瘀积而发为黄疸。清代《张氏医通》对此有所论述：“诸黄虽多湿热，然经脉久病，不无瘀血阻滞也。”认为这种“瘀血发黄，大便必黑，腹胁有块或胀”，可见瘀积在里之症，除面目皮肤发黄色深而暗外，还有肚腹膨胀，腹壁青脉怒张，胁肋下有积聚痞块等证。