和哺乳期的激素变化是的常见原因。绝经后，由于雌激素水平降低，使阴道壁变薄、弹性减小，润滑性能也下降，所有这些都会产生性交疼痛;在哺乳期，促使产奶的激素也使身体内的雌激素水平下降，致使阴道干燥。使用阴道润滑液可以帮助这两个时期的妇女减轻性交疼痛。
内膜异位。这种就是子宫内膜的组织“移民”到了盆腔，并在那里建立“定居点”生长繁殖起来。异位的组织继续保持它在子宫内的行为，即周期性的加厚、脱落、出血和结疤，从而导致剧烈疼痛。如今，大多数子宫内膜异位症的患者可以通过药物和手术进行，疗效不错。
感染通常导致分泌物增多、有异味和排尿疼痛等。但感染的最初往往是性交疼痛。阴道感染会减少润滑，使性交时或性交后产生疼痛。常见的有酵母菌感染和滴虫病。深部疼痛可能是由于膀胱感染。一些由性行为传染的疾病造成的感染也是造成性交疼痛的另一祸首。例如，性交时腹部疼痛可能是衣原体感染的症状。它是一种不易觉察的，有时可以隐藏5—10年。如不加治疗，可导致盆腔感染性疾病，使性交更加疼痛。一旦诊断明确，大多数感染可以通过服用抗生素或使用抗菌涂剂来治疗。