胃间质瘤通常按照肿瘤大小和核分裂像判断肿瘤的危险度，分为极低危险、低度危险、中度危险和高度危险四个等级。目前，对于胃间质瘤最为有效的治疗方法就是行手术切除肿瘤。
治疗胃间质瘤最有效的办法为手术切除肿瘤
一般认为，如手术能完整切除肿瘤，且术后肿瘤标本镜下切缘阴性的病人预后良好;术后行靶向治疗，以巩固疗效，减少复发和转移。如肿瘤第一次术后没有复发和转移的情况，一般不需要行二次手术。常规放疗和化疗对间质瘤疗效不佳，治疗有效率不足10%，不建议应用。术后应口服格列卫治疗，以降低复发率，延长无瘤生存时间。具体如下：
腹腔镜手术:腹腔镜手术容易引起肿瘤破裂和导致腹腔种植,所以不推荐常规应用｡如果肿瘤直径小于或等于5cm,可以考虑在有经验的中心进行腹腔镜切除｡对于大于5cm的肿瘤,除了临床研究需要外,原则上不推荐进行腹腔镜手术｡
胃gist手术:一般采取局部切除､楔形切除､胃次全切除或全胃切除,切缘1~2cm､满足r0切除要求即可｡近端胃切除术适用于gist切除缝合后可能造成贲门狭窄者｡多病灶､巨大的gist或同时伴发胃癌时,可以采取全胃切除,否则应尽量避免全胃切除术｡单灶性病变,估计需全胃切除者可先行术前药物治疗;联合脏器切除应该在保障手术安全和充分考虑脏器功能的前提下,争取达到r0切除｡胃gist很少发生淋巴结转移,一般不推荐常规进行淋巴结清扫｡
小肠gist手术:对于直径2~3cm的位于小肠的gist,如包膜完整､无出血坏死者可适当减少切缘距离｡小肠间质瘤相对较小,切除后行小肠端端吻合即可,有时肿瘤与肠系膜血管成为一体,以空肠上段为多见,无法切除者,可药物治疗后再考虑二次手术｡10%~15%的病例出现淋巴结转移,要酌情掌握所属淋巴结清扫范围｡小肠gist可有淋巴结转移,宜酌情清扫周围淋巴结｡
十二指肠和直肠gist手术:十二指肠和直肠gist手术应根据原发肿瘤的大小､部位､肿瘤与周围脏器的粘连程度以及有无瘤体破裂等情况综合考虑,决定手术方式｡十二指肠的gist,可行胰十二指肠切除术､局部切除及肠壁修补､十二指肠第3､4段及近端部分空肠切除､胃大部切除等｡直肠的gist,手术方式一般分为局部切除､直肠前切除和直肠腹会阴联合根治术｡近年来,由于分子靶向药物的使用,腹会阴根治术日益减少,推荐适应证为:(1)药物治疗后肿瘤未见缩小;(2)肿瘤巨大,位于肛门5cm以下,且与直肠壁无法分离;(3)复发的病例,在经过一线､二线药物治疗后,未见明显改善影响排便功能者｡
胃肠外gist手术:目前认为,胃肠外gist对于常规的放疗和化疗均不敏感,外科手术仍为首选的治疗方式,手术治疗的彻底性与疾病预后密切相关,推荐行病灶的整块完整切除[19-21]｡在部分患者中,肿瘤可与周围组织广泛粘连或播散,有时也可采用活检术或姑息性手术,以达到明确诊断或减瘤而缓解症状的目的｡