生殖系统疾病发病后，大多数人都会有不同的症状，比如一些阴道炎会造成外生殖器奇痒不适、白带多、豆渣样或泡沫状白带等症状，淋病会有脓性白带及尿频、尿急、尿痛等症状，尖锐湿疣会在生殖器上长赘生物，梅毒会有皮疹出现等，如果有这些不适，都应尽早到正规医院治疗，如果延迟治疗或治疗不当，将会促使病情发展，导致盆腔感染、输卵管堵塞、不育不孕及宫颈病变，严重者发展为宫颈癌。
在房事中，除了要重视女性生殖器的清洁卫生外，男性生殖器的清洗也不容忽略。由于男方的包皮部位容易藏脏东西，所以房事之前，男方可以用一些比较温和的香皂，将包皮翻起来彻底清洗。
有些疾病一般在初期没有明显症状，比如，50%的非淋菌性尿道炎(支原体、衣原体感染)没有症状，人乳头瘤状病毒感染宫颈也没有很明显的症状，艾滋病感染者在潜伏期也没有明显症状，但都存在传染性，并继续发展危害健康及夫妻性生活。最好的办法是女性至少一年要做一次妇科检查，尤其是宫颈细胞抹片，不仅可以发现癌前病变，也可以发现感染情况。
由于我们的手哪儿都摸，病菌很可能会沾在手上，在房事时如果不洗手，病菌很可能通过手感染到生殖系统。