由于骨质疏松后期所导致的骨骼病理改变尚无法从根本上治愈，因此骨质疏松的关键在于早期，而根据不同的情况选择合适的药物尤为重要。
人体对钙剂的主动吸收是有阈值的，当钙浓度达到饱和阈值时，人体将难以吸收更多的钙。因此补钙的方法十分重要，首先是适量，最好分次进行，临睡前服用更佳。
对于后期骨质疏松患者，尤其是绝经早期伴更年期者，雌激素补充疗法十分有效。若年龄超过55岁，且没有明显的更年期症状，则建议选用阿仑膦酸钠并补充活性维生素D3。
骨质疏松治疗需找准病因由于补充雌激素有一定的风险，有下列则不能使用雌激素：雌激素依赖性肿瘤(、子宫内膜癌)、血栓性疾病、不明原因阴道出血及活动性肝病和结缔组织病为绝对禁忌证。、子宫内膜异位症、有乳腺癌家族史、胆囊疾病和垂体泌乳素瘤者慎用。有子宫者应用雌激素时应配合适当剂量的孕激素制剂，以对抗雌激素对子宫内膜的刺激，已行子宫切除的妇女应只用雌激素，不加孕激素。激素治疗的方案、剂量、制剂选择及治疗期限等应根据患者情况个体化。应用最低有效剂量。坚持定期随访和安全性监测(尤其是乳腺和子宫)。
由于骨性关节炎(俗称骨质增生)是最常见的骨骼系统退行性疾病，骨质疏松同时伴发骨性关节炎者亦十分常见。降钙素和活性维生素D3不仅能治疗骨质疏松，同时对软骨损伤修复有良好的促进作用，而二膦酸盐既可治疗骨质疏松又能抑制过度的骨质增生，因此降钙素、活性维生素D3和二膦酸盐是骨质疏松伴骨性关节炎治疗的选择。
不少骨质疏松患者的一个重要表现是腰背部或者髋部酸痛(俗称骨痛)，对于此类患者应选择降钙素，如果对降钙素，则可考虑二膦酸盐治疗。需指出的是无论降钙素还是二膦酸盐都不是止痛剂，疼痛的缓解需要一定的时间。所以治疗早期可期联合应用非类固醇类药物，以确保止痛疗效。