慢性扁桃体炎在身体受凉受湿、全身衰弱、内分泌紊乱、自主神经系统失调或生活及劳动环境不良的情况下，容易形成病灶，引起许多严重疾病。如心血管系统疾病、肾脏疾病、关节疾病、阑尾炎、胆囊炎、及毒性甲状腺肿等。此外，已有慢性炎症的扁桃体也是外界细菌侵入机体的重要门户，促使发生各种疾病或使原有疾病加重。儿童时期慢性扁桃体炎的反复发作，不但引起并发病的机会甚多，且可影响身体发育。
有关病灶发生机制的学说甚多。目前多数学者倾向于变态反应之说。即存在于病灶器官(如腭扁桃体)中的病原体或毒素可作为异体抗原(heteroantigen)，使体内产生特异性抗体。同时，病灶器官本身的实质细胞(parechymalcell)因感染而损伤，脱落离体，又可作为自体抗原(autoantigen)，使体内产生自体抗体(autoantibody)。此后，当再有抗原(如细菌)侵入或有更多的自体抗原形成时，则抗原与抗体结合而发生变态反应或副变态反应(paraallergy)。此种反应尤易发生在某些抗体与其细胞紧密结合的器官或组织内，从而引起各种病灶性疾病，如风湿病、血管球性肾炎、风湿性心脏病等。近年来也有人认为，病灶性疾病的发生，可能与腺病毒感染或腺病毒和链球菌的混合感染有关。