休息与营养，合理的休息与营养应作为治疗结核的基础。活动性肠结核应强调卧床休息，减少热量消耗，改善营养，增加机体抗病能力。肠结核常继发于肺结核，故应对原发病诊断，积极治疗，加强公共卫生宣传，教育患者避免吞咽痰液及不随地吐痰，牛奶应充分消毒。
肠结核的治疗一般可分长疗程法与短疗程法：
(一)长疗程法：此系标准疗法，用异菸肼、链霉素两药或加对氨基水扬酸三药联合应用。全程需12-18个月。
(二)短疗程法：疗程缩短至6-9个月其疗效与复发率和长疗程法取得同样满意效果。一般用异菸肼和利福平二种杀菌剂联合，对严重肠结核或伴有严重肠外结核者，宜加链霉素或吡嗪酰胺或乙胺丁醇三药联合。此种短疗程法需注意药物对肝脏的损害。可用利福啶代替利福平，每日150mg，毒性似较利福平为低。
手术治疗主要限于完全性肠梗阻，或部分性肠梗阻经内科治疗未见好转者，急性肠穿孔引起粪瘘经保守治疗未见改善者，大量肠道出血经积极抢救未能止血者。