丙型肝炎是以肝细胞损害为主的疾病，肝细胞毁坏的机制有两种几率。
①丙肝病毒直接毁坏肝细胞。病菌在复制过程中或许直接损伤肝细胞的细胞器，促进肝细胞膜对转氨酶的通透性增加。
②许多实验证明免疫原因是肝细胞伤害的主要原因，特别是细胞免疫可能丙肝病菌导致肝细胞伤害的重要因素。
丙肝病菌造成肝细胞死亡的形式有两种，一是坏死，二是凋亡，除此之外，丙型肝炎患者血汪肿肿瘤坏死因子(TNF)处于高水平状态，这也可介导肝细胞更进一步损害。总而言之，HCV致命肝细胞伤害的机制不是单一因素所为，或许是综合原因导致细胞膜的通透性和生理功能的改变。
(1)汇管区淋巴细胞聚集，可形成淋巴滤泡;胆管上皮细胞变性，周围有大量淋巴细胞浸润。这样严重的汇管区炎症及胆管损伤是丙型肝炎慢性化的重要标志。
(2)肝窦中炎细胞浸染，但不波及窦周的肝细胞，此为区别于急性乙型肝炎的特点，乙型肝炎病因中常伴有窦周细胞嗜酸变性或坏死。
(3)肝小叶内肝细胞变性、坏死较轻。
(4)窦周及肝细胞间隙纤维化比乙型肝炎更为明显，且出观较早。这或许是它更易发展为肝硬变的原因之一。
(5)肝细胞脂肪变性常见。
就目前来看，丙肝的预防尚无疫苗可用，这是因为HCV的基因变异性较大，体内产生的中和抗体难以应付不断出现的大量的新的病毒准种。因此目前丙肝的预防重点在于保护易感人群、切断传播途径、早期诊断和治疗已感染HCV的患者(即传染源)。
具体措施有，取缔职业献血员，医务人员慎用血制品。推广一次性使用的注射器，医疗器械如内窥镜、手术器械、牙科钻、针灸针等要严格消毒，确保可以杀死HCV。男性使用避孕套对防止HCV的性传播有很好的作用。如育龄妇女为丙肝患者，最好先进行抗HCV的治疗，待疾病痊愈或控制良好时再怀孕生育，有助于减少母婴的垂直传播。
丙肝的治疗效果明显优于乙型肝炎，干扰素和病毒唑(利巴韦林)的联合治疗仍然是治疗丙肝的最佳标准方案，可以使多数急性丙肝和40%以上的慢性丙肝患者肝功能长期正常，HCVRNA长期阴性，症状完全消失，达到治愈或接近治愈的效果。
近年新出现的聚乙二醇干扰素(即长效干扰素)较以前的普通干扰素疗效有显著提高。国外还有一些新的抗HCV药物如HCV反义核酸、NS3丝氨酸蛋白酶等在初步的抗病毒试验中显示了很高的疗效，将进入临床试验。