1974年Golafield首先报告输血后非甲非乙型肝炎。1989年Choc等应用分子克隆技术获得本病毒基因克隆，并命名本病及其病毒为丙型肝炎(HepatitisC)和丙型肝炎病毒(HCV)。由于HCV基因组在结构和表型特征上与人黄病毒和瘟病毒相类似，将其归为黄病毒科HCV。
HCV病毒体呈球形，直径小于80nm(在肝细胞中为36～40nm，在血液中为36-62nm)，为单股正链RNA病毒，在核衣壳外包绕含脂质的囊膜，囊膜上有剌突。HCV体外培养尚未找到敏感有效的细胞培养系统，但黑猩猩对HCV很敏感。
HCV-RNA大约有9500-10000bp组成，5′3′非编码区(NCR)分别有319-341bp，和27-55bp，含有几个顺向和反向重复序列，可能与基因复制有关。在5′非编码区下游紧接一开放的阅读框(ORF)，其中基因组排列顺序为5"-C-E1-E2/NS1-NS2-NS3-NS4-NS5-3",能编码一长3014个氨基酸的多聚蛋白前体，可经宿主细胞和病毒自身蛋白酶作用后，裂解成各自独立病毒蛋白，即三种结构蛋白，为分子量19KD的核衣壳蛋白(或称核心蛋白，C)和33KD(E1)，72Kd(E2/NS1)的糖蛋白，及四种分子量为23KD、52KD、60KD、116KD的非结构蛋白分别与NS2、NS3、NS4、NS5相对应。
由于GP72正好与瘟病毒表面蛋白或黄病毒第一个非结构蛋白(NS1)相对应，故将GP72的基因标记称谓E2/NS1。E1和E2/NS1糖蛋白能产生抗HCV的中和作用。NS2和NS4的功能还不清楚，发现与细胞膜紧密结合在一起。NS3蛋白具有螺旋酶活性，参与解旋HCV-RNA分子，以协助RNA复制，NS5有依赖于RNA的聚合酶活性，参与HCV基因组复制。
HCV具有显著异源性和高度可变性，对已知全部基因组序列的HCV株进行分析比较其核苷酸和氨基酸序列存在较大差异。并表现HCV基因组各部位的变异程度不相一致，如5′—CR最保守，同源性在92-100%，而3′NCR区变异程度较高，在HCV的编码基因中，C区最保守、非结构(NS)区次之，编码囊膜蛋白E2/NS1可变性最高称为高可变区。
HCV基因分型还无统一标准，因用于基因分型的部位和采用的技术方法不同，出现了各种基因分型结果，但各种基因型分类方法之间有一定的对应关系，兹举几种基因型分类法供参考(表26-2)。
现知欧美国家多数HCV-Ⅰ型感染，而亚洲国家以Ⅱ型为主，Ⅲ型次之。Okomoto报告日本慢性丙型肝炎患者和健康献血员主要为Ⅱ型感染，分别占59.3%和82.4%,而血友病人约50%为Ⅰ型感染,原因是应用输入美国进口凝因子Ⅷ。
Wang氏报告我国北京慢性丙型肝炎患者86.2%为Ⅱ型感染,Ⅲ型感染为13.8%。而新疆病人Ⅲ型感染却占50%,说明不同型HCV具有一定的地区和人群分布特征。此外不同基因型感染引起临床过程和干扰素治疗反应亦表现不同,如Ⅲ型感染临床症状较重,有引起严惩肝病倾向：Ⅱ型(Simmonds1b)感染对干扰素治疗不敏感效果差。Ⅲ型感染(Simononds2a)用干扰素治疗效果好。
丙型肝炎的传染源主要为急性临床型和无症状的亚临床病人，慢性病人和病毒携带者。一般病人发病前12天，其血液即有感染性，并可带毒12年以上。HCV主要血源传播，国外30-90%输血后肝炎为丙型肝炎，我国输血后肝炎中丙型肝炎占1/3。此外还可通过其他方式如母婴垂直传播，家庭日常接触和性传播等。
输入含HCV或HCV-RNA的血浆或血液制品，一般经6-7周潜伏期例急性发病，临床表现全身无力，胃纳差，肝区不适，1/3病人有黄疸，ALT升高，抗HCV抗体阳性。临床丙型肝炎病人50%可发展为慢性肝炎，甚至部分病人会导致肝硬及肝细胞癌。其余约半数病人为自限性，可自动康复。
丙型肝炎发病机理仍未十分清楚，当HCV在肝细胞内复制引起肝细胞结构和功能改变或干扰肝细胞蛋白合成，可造成肝细胞变性坏死，表明HCV直接损害肝脏，导致发病起一定作用。但多数学者认为细胞免疫病理反应可能起重要作用，发现丙型肝炎与乙型肝炎一样，其组织浸润细胞以CD3+为主，细胞毒T细胞(TC)特异攻击HCV感染的靶细胞，可引起肝细胞损伤。
临床观察资料表明，人感染HCV后所产生的保护性免疫力很差，能再感染不同，甚至部分病人会导致肝硬化及肝细胞癌。其余约半数病人为自限性，可自动康复。
丙型肝炎发病机理目前仍未十分清楚，当HCV在肝细胞内复制引起肝细胞结构和功能改变或干扰肝细胞蛋白合成，可造成肝细胞变性坏死，表明HCV直接损害肝脏，导致发病起一定作用。但多数学认为细胞免疫病理反应可能起重要作用，发现丙型肝炎与乙型肝炎一样，其组织浸润细胞以CD3+为主，细胞毒T细胞(TC)特异攻击HCV感染的靶细胞，可引起肝细胞损伤。
临床观察资料表明，人感染HCV后所产生的保护性免疫力很差，能再感染不同株，甚至同株HCV。可能与HCV感染后病毒血症水平低及HDV基因级变异性有关。
检查丙型肝炎的方法主要是通过验血，而检测的类型有很多种。医生往往只会根据情况选择一种或者多种。常见的有：
这是最基础的免疫学检测，也是比较便宜的一种。但是该方法无法说明感染是新发的(处于急性期)还是长期的(慢性的)，仰或已经治愈了。抗体检测有时候会有“假阴性”(本来受到感染，但没检测出来)和“假阳性”(本来没有受到感染，但抗体却是阳性)的存在，因而应该根据病情和结合其他检测综合判定。
这是利用分子生物学方法来检查血液中是否有病毒的存在。这种方法的优点在于结果比较客观，但价格也较贵。它不仅仅可以知道是否有丙型肝炎病毒，还可以测定病毒的含量，从而提供病情和治疗效果的依据。
在病人在感染的初期，有70%的人血液中丙型肝炎病毒抗体(Anti-HCV)呈阳性;而在三个月后，阳性率则达到90%。但是，必须强调的是大部分人感染丙型肝炎病毒后，并没有出现明显的症状。在感染后1至2周内，便可以在血液中检测到病毒的存在，因而PCR法(直接检测病毒含量)也可以在这个时间后进行。
首先应该检查肝功能看是否也有明显的肝脏损害，例如ALT(谷丙转氨酶，肝脏细胞内的一种酶;肝脏损害时，ALT常常升高)是否升高等。这个检查结果对于判定是否慢性感染以及是否需要药物治疗有一定的指导意义。但是，必须强调的是，整个过程应该在专业的人员指导下进行。