植物神经功能紊乱的病因不外内因与外因两个方面。“内因是变化的根据，外因是变化的条件，外因只能通过内因起作用”，是一经典的哲理，也是事件变化发展的客观规律之一。某些人在同样的紧张刺激下，患病概率却各不相同，即说明了人格特征及行为方式等到内因起了作用。引起植物神经功能紊乱的内因主要有性格内向、孤僻、情绪不稳定等性格缺陷，对外界刺激耐受性差，适应环境、应付事物的能力不足等；外因多者长期持久有强烈精神刺激，如家庭纠纷、恋爱挫折、事业失败或人际关系紧张，持久的脑力、体力劳动，睡眠不足等。在外界因素长期限作用下，高级神经中枢过分紧张，因而导致中枢神经系统和植物神经系统功能紊乱。
当人们面临各种困难时，个人易患因素、社会凶险因素及心理问题等多重因素均可使人产生应激反应，神经内分泌改变引起植物神经功能紊乱。植物神经功能紊乱的发病原因是什么?植物神经系统在生理上由大脑皮质神经进行支配和调节。正常情况下大脑皮质的兴奋、紧张交替进行，协调一致。大脑是人情感、思维的主体，当外界的情志刺激因素强度过大，或持续时间过长，进而导致大脑皮质的部分区域过度兴奋，统一协调功能失常，致使大脑的血管紧张痉挛，血行缓慢瘀滞，进一步导致大脑供血不足，脑细胞低氧，代谢废物淤积，从而使大脑神经调节能力下降。
由于大脑皮质对植物神经系统的统帅作用，大脑这一人体司令部混乱常导致植物神经系统功能失调。如出现胸闷、憋气、心慌、濒死感等心脏神经症；胃痛、胃胀、呕吐、腹泻等胃肠神经症；其他如头痛头晕、失眠、健忘、皮肤发麻、皮肤发痒、痛经等各种各样、千奇百怪的临床症状。其临床特点首先是身体没有明显器质性改变，其次病情加重或反复，常伴随焦虑、紧张、忧郁等情绪变化，一般按冠心病、胃炎等器质性疾病治疗常无效。临床上病人常有头晕眼花、头皮和肢体麻木及口误增多、视力恶化、健忘等脑缺血和低氧的表现。另外从临床治疗情况看，通过提高血液的含氧量，激光血管照射改善大脑血液循环，针灸百会、印堂、太阳等调节大脑神经血流获得了满意的临床疗效，这些都从不同侧面证实了大脑缺血、低氧是植物神经功能紊乱的病理基础。
遗传因素
在临床上，已经查明遗传因素同精神障碍的发病有直接关系。如：精神分裂症、心境障碍、人格障碍、精神发育迟滞等。虽然在调查中可以认定上诉疾患在遗传方面有明显的趋向性，但在细胞遗传学和分子遗传学方面的研究至今没有一个结论性的结果。因为遗传性是“先天既得性”与“后天获得性”两者相互作用而形成的，所以说遗传性的显现，是同病人病前和发病时的社会环境对病人的影响有直接的关系。
素质因素
素质里包含有心理素质和躯体素质两个方面。所谓心理素质就是指人的神经系统的兴奋性和稳定性。临床上表现为不同人对不同事物的反应强度、速度、觉醒度和情绪指数。躯体素质是指个体反应潜力和决定个体精神活动方式的生物学基础。比如：一个人在性格上较为内向，又多有敏感和脆弱的性格特征，那其就会在外界的不良刺激下，发生应激性精神障碍。
性别因素
女性由于性腺的内分泌和某些生理过程等特点会引起情绪不稳、冲动、焦虑等临床表现。这与中枢神经抑制催乳素的分泌有关。因为女性如出现月经过少或泌乳等现象时，就会反馈到中枢神经而促使体内催乳素升高，这样就会常常伴有焦虑、抑郁、精力减退和对应激的耐受力下降等症状发生。男性多受酒精和烟草的影响，体内血睾丸酮水平的降低会诱发男性的抑郁症的发生。
生物因素
身体其他部位的病变也可累及到中枢神经系统而引发精神障碍。如脑部的感染、肿瘤、外伤、出血、中毒、变性、营养代谢和精神活性物质等器质性病变，均可直接或间接地损害人脑的正常功能和结构。如：电视天天报道的婴儿时期的营养不良（假奶粉引发智力发育障碍的大头婴儿）或脑部的外伤等都可以导致病者精神发育迟滞和人格的改变。也有报告分析过孕妇分娩时的产伤与日后的精神分裂症的发病有重要的关联性。
年龄因素
童幼年时期，由于儿童身体和精神的发育并未成熟，所以缺乏自我控制情感和行为的能力，同时因为其保持着幼稚的情感、行为和原始反射，所以对外界环境的适应能力较差，再加上现在社会各方面对孩子的压力增大，所以孩子们会因各种心理因素的影响而出现情感和行为方面的障碍。进入青春期的青少年由于内分泌系统特别是性腺不断的发育成熟，会出现植物神经系统的不稳定性，表现有异常的情绪波动，对外界应激因素的影响极为敏感。在生活中常常会出现如强迫症、癔症、心境障碍和精神分裂症等疾病。