子宫内膜异位症是妇科常见疾病，其卵巢型病变，即子宫内膜异位囊肿(或所谓卵巢巧克力囊肿)，是其住院病人中最常见病理类型，也是普通妇科最常见手术指征之一。 近年，特别是我国子宫内膜异位症诊治规范推出近10年以来，对其认识逐渐深刻，对其处理也正逐渐规范。
由于子宫内膜异位症的病理生理特点，同其他类型的病变处理一样，卵巢子宫内膜异位囊肿的处理也要综合考虑病人的病情、年龄、生育情况、心理状况等，给以个体化的治疗方案。具体要考虑如下几个因素：
1.囊肿大小。囊肿直径与内异症恶变风险、破裂、术中正常卵巢组织破坏等密切相关。另外，囊肿大小也是影响患者心理状态的疾病因素中最重要指标。因此，无论是医生还是病人，囊肿的直径仍然是目前决定处理方案的最主要因素。对于直径大于5cm的巧克力囊肿，应该手术治疗，对于小于3cm的，一般可以随诊观察。而对于介于两者之间者，则要结合患者年龄、生育状况及心理状态综合考虑。
2.年龄。年龄越大，巧囊恶变风险越大。同时，高龄患者大多已完成生育，对卵巢功能关注程度往往较弱。因此，对大于45岁患者，多考虑手术治疗。
3.生育状况。生育状况包括两方面，一是有无再生育要求，二是有无多年不孕史。较大巧囊影响输卵管功能，也可能影响排卵，同时妊娠期间也容易破裂，因此，对较大巧囊，可在计划妊娠前先手术处理。多年不孕者，巧囊的恶变风险增多，对有不孕史者也要多选择手术治疗。
4.患者心理状况。不同的人格特质，不同的教育背景、社会经济地位等，都会影响患者对自身疾病的看法和对医疗行为要求，医疗方案的选择必须与患者充分沟通，并考虑患者的心理状况。
5.是否复发。对于复发的巧囊，由于已经有明确的诊断，且再次术后再次复发的可能性极大，要慎重选择手术治疗。
6.有无合并其他手术适应症。对合并有其他妇科手术适应症者，术中可以同时处理巧囊。