临床上主动脉瘤主要需与以下几个疾病进行鉴别：
一、胸主动脉与肺癌
两个疾病的症状相似性：咳嗽咯血及肺部肿块是肺癌的重要症状与体征，而有的主动脉瘤可致肺静脉压升高，使支气管黏膜下的小静脉曲张与破裂，导致咳嗽咯血等症状加之有些患者原本就有咳嗽病史，X线胸片上突出的主动脉瘤瘤体会被误认为肺部肿块由于近些年来肺癌的发病率病死率已稳居恶性肿瘤之首，且有年轻化趋势，对反复咳嗽咯血且有长期吸烟史的患者易考虑肺癌从而导致易误诊主动脉窦动脉瘤患者多有先天性心脏病病史主动脉瘤位于升主动脉时，可使主动脉瓣环变形，瓣叶分离而致主动脉瓣关闭不全，出现相应杂音;动脉瘤内有血栓形成时，在相应听诊区可闻及血流杂音;膨胀的主动脉瘤可以造成局部搏动;主动脉弓动脉瘤压迫左无名静脉可使左上肢比右上肢静脉压高;主动脉扩张致脉压增大，上述心血管系统疾病的表现可引导医师行相关检查主动脉瘤还可压迫上腔静脉食管及喉返神经引起相应症状，这与肺癌所致压迫症状和体征无异，但应注意患者是否表现为体重明显减轻或病灶明显增大，血痰的性质及咯血的规律，有无转移病灶，这些可提示医师查痰中癌细胞肺癌标志物及行增强CT或MR检查，有助于排除肺癌的诊断如临床医师忽略了有诊断及鉴别诊断意义的表现，则易致误诊
二、假性主动脉瘤
假性主动脉瘤为动脉壁破裂出血，形成的壁外血肿，瘤壁无主动脉壁的全层结构，仅内膜面覆盖纤维结缔组织多为创伤所致，好发于主动脉弓降部导管韧带及左锁骨下动脉开口处局部主动脉壁感染或术后切口渗漏也可形成血肿CT表现为紧贴主动脉壁的软组织肿块，破口未闭合时可与主动脉相通，增强后中心强化，周边可见大量血栓形成，并可见破口少数假性动脉瘤病人由于瘤体压迫主干正常的动脉血管，瘤腔内血流缓慢易形成附壁血栓造成血块凝积和机化在早期震颤或杂音逐渐消失有时会误诊
三、腹主动脉瘤需进行鉴别的疾病有以下几种情况：
腹痛休克腰背痛是腹主动脉瘤破裂最常见的表现，自然，错误的诊断也多数与之关联其中最常见的误诊疾病是肾绞痛，可占总误诊数的20%以上在休克症状缺如时，剧烈的腰痛肾区明显叩击痛镜下血尿等表现常将医生的思路错误地引向尿路结石肾绞痛，却不知这些表象是因为浸泡于大量血液中的肾脏输尿管受到刺激，或者肾动脉开口受到破裂，波及而导致的腹痛等症状还经常被错误地归因于腹腔疾病，如胃肠道出血及破裂乙状结肠憩室炎肠梗阻胆囊炎胆石症胰腺炎等腹主动脉瘤破裂产生类似这些疾病的症状，可能与腹主动脉2消化道瘘瘤体内附壁血栓脱落肠系膜下动脉急性缺血等因素有关腹主动脉瘤破裂易被嵌顿性腹股沟疝所掩盖而造成的漏诊腹主动脉瘤同时合并腹股沟疝和(或)肺气肿，全身性结缔组织发育不良和退化也许是二者共同病理基础当腹主动脉瘤破裂时，腹膜后巨大血肿使腹股沟薄弱处所受的压力骤增，导致疝内容嵌顿，极易使医生被表面现象蒙蔽而漏诊腹主动脉瘤
其他较少见的需进行鉴别诊断的疾病还包括急性心肌梗死(心梗)腹部钝性外伤等主动脉瘤患者常合并严重的动脉粥样硬化而影响冠状动脉血供，心肌缺血和低血压导致的心电图改变是误诊为急性心梗的主要原因但急性心梗者多有反复发作的心绞痛史，疼痛部位多在胸骨后或向颈部左臂放射，能用硝酸盐及吗啡缓解;而腹主动脉瘤破裂的疼痛有部位广泛吗啡等镇痛剂无效的特点且急性心梗的心电图可见一系列心梗图型演变，血清心肌酶谱升高呈特定的曲线，这些均是与腹主动脉瘤破裂的鉴别点。