手术治疗。
1膜式肛门闭锁术后应功能良好，控制正常。
2低位尿道瘘于新生儿期行I期后切术。1岁后行尾路修瘘术。I期术后，一岁内大小便基本正常，幼儿园年龄后则有排尿时肛门瘘尿现象。不能站立排尿。
3高位肛门闭锁或尿瘘I期行乙状结肠造口术，6个月后行尾路或腹会阴手术拖出直肠。同时关瘘或Ⅲ期关瘘。I期术后一般生长发育营养良好，正确护理肠瘘可保证不污衣裤，不糜烂，鉴于国内目前条件，特别是缺水寒冷农村要注意避免糜烂，腹泻、肺炎，而致营养不良。
4低位肛门闭锁会阴瘘行Ⅱ期后切及“H”手术。大便控制应正常，外观小缺点可再修理。
5中位肛门闭锁前庭阴道瘘行I期尾路肛门成型。术后1年排便正常，肛门欠缺可再修理。
6肛门前移行倒“V”切口尾骨肌固定术。术后便秘可痊愈，必须注意训练排便习惯。
7低位尿道瘘第Ⅱ期手术后，要求出院后小便正常，大便1年后正常。
8高位直肠闭锁Ⅱ期手术(婴幼儿)行pena腹会阴联合肛门成型术。Pena手术后一般功能良好，经远端瘘注钡后证明控制良好即可关瘘。正常排便靠训练，并待术后一年以上患儿4年以后才能进行评价。