基底核具有复杂的纤维联系，主要构成三个重要的神经环路：
①皮质-皮质环路：大脑皮质-尾壳核-内侧苍白球-丘脑-大脑皮质;
②黑质-纹状体环路：黑质与尾状核、壳核间往返联系纤维;
③纹状体-苍白球环路：尾状核、壳核-外侧苍白球-丘脑底核-内侧苍白球健康搜索在皮质-皮质环路中有直接通路(纹状体-内侧苍白球/黑质网状部)和间接通路(纹状体-外侧苍白球-丘脑底核-内侧苍白球/黑质网状部)环路是基底核实现运动调节功能的解剖学基础，这两条通路的活动平衡对实现正常运动功能至关重要。
黑质-纹状体DA通路变性导致基底核输出过多，丘脑-皮质反馈活动受到过度抑制使皮质运动功能易化作用受到削弱，产生少动性疾病如帕金森病纹状体神经元变性导致基底核输出减少丘脑-皮质反馈对皮质运动功能易化作用过强，产生多动性疾病如亨廷顿病。
因此，基底核递质生化异常和环路活动紊乱是产生各种运动障碍症状的主要病理基础。运动障碍性疾病治疗无论药物或外科治疗原理都基于对递质异常和环路活动紊乱的纠正。