急性感染性心内膜炎典型的临床表现为高热、寒战、身体虚弱，病情进行性加重，而亚急性感染性心内膜炎的表现较为隐匿，这些病人通常有类似于感冒的症状如发热、寒战、肌痛/关节痛、乏力，但临床表现差别很大。
急性或亚急性感染性心内膜炎患者的心脏表现包括出现新的心脏杂音、原有的心脏杂音突然加重或瓣膜遭到破坏，心力衰竭加重。患者也有可能以胸痛为主诉，原因是胸膜炎、心包炎或冠状动脉栓塞所致的心肌梗死。
心脏以外表现包括栓塞和血管现象。患者可出现没有任何神经定位体征的头痛，也可能发生脑梗死、局灶性脑炎、脑出血或形成真菌性动脉瘤，以及假性脑膜炎，只有少数患者脑脊液培养为阳性。有时可出现栓塞性梗死，引起胁肋部或左肩部的局部疼痛，若还存在脓肿尤其是有脾脓肿时，进行辨别比较困难。临床上发现许多部位易发生栓塞，但时间越长，尸检则越不容易发现这些栓塞。