生理原因
引起性交疼痛的原因很多，有生殖器官和泌尿系统的各种疾病、先天性畸形等。典型的病变是接近阴道后穹窿的子宫骶骨韧带上有内膜异位结节，盘腔内炎症和腹膜脏器粘边，阴茎插入触到结节上，在与阴道粘膜的摩擦过程中，使腹膜摇动而牵动脏器引起疼痛。另外，阴道特殊性过敏，如避孕工具的使用过敏，也会出现疼痛。新婚第一次交媾撕裂处女膜和扩张阴道口，也可使最初几日产生痛楚和交媾稍有困难。新婚精神兴奋以及带来的忙碌劳累，也会使交媾不完全满意，因而新婚后一般以过3-4周后才能达到满意交媾的程度。仓促交媾，即在女性性兴奋没有完全唤起之前，阴前缺乏膨胀和润滑，这时将阴茎插入，或动作稍猛地插入，常有引起暂时的不适的疼痛，那么，性兴奋便会受到抑制，随着阴茎的抽插摩擦，疼痛可能会加重，尤其是高度敏感的阴蒂部位。因为它具有丰富的血管和神经组织，在没有性兴奋和干燥情况下，不仅会产生疼痛，而且心理上还会产生一种难以忍受的厌恶感。
在没有器质性病变的情况下，性交疼痛主要是阴道润滑不足造成的。性唤起不够的原因主要有两个方面：一是交媾准备工作不充分，即前文所说的拥抱、接吻、爱抚等调情动作不够;二是有交媾焦虑、恐惧、思想不集中，以及工作生活中带来的抑郁不快等。
A.包皮过长：男性朋友们如果包皮过长，那么包皮内会有很多的污垢，这样就会引起男性外生殖器官的发炎，在性生活时也会引发男性的疼痛感觉。也有一些男性出现了包茎的情况，长期不外露的阴茎头部，在性生活时也有可能会出现疼痛的感觉。
B.避孕因素：也有一些男性的阴茎对避孕套比较的过敏，也会因使用避孕套而引发皮炎，这样在性生活中也会引发男性的疼痛感觉。
C.女性分泌物：如果女性的阴道分泌物过多，例如有太多的白带或者有一些阴道炎症等等，这些因素都会改变女性阴道的酸碱环境，这样当男性的阴茎在进入时，阴茎很容易受到环境的刺激，会产生一些皮炎，因而引发男性出现性生活疼痛的现象。
D.弓形阴茎：男性的阴茎有部分发生了溃疡的情况，在之后的愈合中也会有疤痕的存在，这样男性在受到外来的刺激引发阴茎勃起时，充血的阴茎会给男性带来一些牵拉的疼痛感觉。
E.前列腺炎：男性的精囊和前列腺是非常靠近的，男性如果有前列腺炎症的情况，当男性有射精的动作时，精囊会因此而被牵拉，这样前列腺也会因为这个牵拉产生一些疼痛的感觉。
F.阴茎折断：很多男性朋友们在性生活时过于兴奋而忽略了性生活的安全性，在不停的变换姿势的过程中发生的误差的情况，男性会因此而感觉到一阵的疼痛，也许男性的阴茎发生了折断的情况。也有一些男性朋友对自身的阴茎做过了畸形的矫正，这样在性生活时有时候会产生疼痛的感觉。[1]
心理原因
1.教育不当。就目前的情况而言，无论是家庭、学校还是社会，性教育都非常缺乏，而且在有限的性教育中，往往给女性灌输的是一些有失性健康的说教。诸如"女人贞节最宝贵""性交怀孕是男人享乐女人受罪"等等。有的人受这种思想影响比较严重，特别是在文化较为落后地区尤其。她们在婚前焦虑恐惧罪恶的感受已充斥脑际，待婚后交媾时，焦虑、恐惧、害羞、自罪的情感和荒唐的想法更会油然而生且随之增强。由此而妨碍了性兴奋和性快感的享受。在这种情况下，性交疼痛或交媾困难即不可避免了。
2心理创伤。女性在婚前如果有过与交媾疼痛密切相关的经历，或直接的交媾痛苦的经历，或因交媾示适留下了难以消除的记忆，就很容易形成条件反射。如婚前曾被强暴过，初婚交媾丈夫体贴不够或交媾动作精暴等等。这种人一旦再面临交媾的情境，就把交媾与痛苦疼痛自然联系起来，筑起防御的心理屏障。如果实际交媾就很可能真的发生疼痛症状。
3刺激抑制。这里所讲的刺激抑制，并不是指生殖器器官的直接相互刺激的抑制，而是指外界的人为因素对交媾前性欲冲动刺激而形成的抑制。从这个角度分析主要有这样几种因素：
一是属于夫妻情感方面的性欲冲动。最重要的是要有情感基础，没有这一条无论如何是兴奋不起来的。妻子对丈夫没有感情，就把交媾当做一种负担和痛苦勉为应承，这就难免出现不适和疼痛。
二是交媾环境方面。目前在我国，特别是城镇许多人居住条件较差，有的二代甚至三代同居一室。当子女稍大时，夫妻在这样的环境条件下交媾，不能不受到影响。它往往没有充分调情的条件，也没有在暗灯下嬉戏的可能。整个交媾过程都是在默契下进行的，而且又担心动作过大时被长辈和子女们觉察，所以这些都会抑制性兴奋，出现不愉快的情况。
三是性变态方面。有时同性恋史或有同性恋心理倾向的女子，与男子交媾时，一般难以产生性兴奋。即使交媾，也难以达到性和谐。那么导致性交疼痛或交媾困难就是常见之事了。
在实践生活中我们观察到，性交疼痛很少由单一因素所引起，往往是许多因素交织在一起。心理因素与器质性病变也可能相互联系、相互交叉、错杂并存。本病治疗原则是积极治疗病因，同时进行必要的心理治疗。
(1)病因治疗由局部病理变化引起者，其局部病变治愈后疼痛自然消失;心因性性交疼痛常与阴道痉挛伴发，阴道痉挛治愈性交疼痛亦随之治愈。
(2)心理治疗部分性交疼痛可能系性交方式不正确或有性交焦虑者，应予以性交指导并消除性交焦虑。