(一)感染因素
肠道内感染：可由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。
1、病毒感染：寒冷季节的小儿腹泻80%由病毒感染引起。病毒性肠炎主要病原为轮状病毒，其次有诺如病毒、星状病毒、科萨奇病毒、埃可病毒、冠状病毒等。
2、细菌感染：
(1)致腹泻大肠杆菌：包括：致病性大肠杆菌，产毒性大肠杆菌，侵袭性大肠杆菌，出血性大肠杆菌及粘附-聚集性大肠杆菌。
(2)弯曲菌：与肠炎有关的弯曲菌属有空肠型、结肠型和胎儿型3种，95%-99%弯曲菌肠炎是由胎儿弯曲菌及空肠弯曲菌引起的。
(3)其他：包括耶尔森菌，沙门菌(主要为鼠伤寒和其他非伤寒、副伤寒沙门菌)、嗜水气单胞菌、难辨梭状芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、变形杆菌等。
3、真菌：致腹泻的真菌有念珠菌、曲菌、毛霉菌等。婴儿以白色念珠菌多见。
4、寄生虫：常见为蓝氏贾第鞭毛虫、阿米巴原虫和隐孢子虫等。
肠道外感染：有时引起消化功能紊乱，亦可产生腹泻症状，即症状性腹泻。年龄越小越多见。腹泻不严重，大便性状改变轻微，为稀糊便，含少许粘液，无大量水分及脓血，大便次数略增多，常见于上呼吸道感染、支气管肺炎、中耳炎等，随着原发病的好转腹泻症状渐消失。
使用抗生素引起的腹泻：常表现为慢性、迁延性腹泻。由于长期使用广谱抗生素，一方面使肠道有害菌，耐药金葡菌、难辨梭状芽孢杆菌、绿脓杆菌等大量繁殖，另一方面使双歧杆菌等有益菌减少，微生态失衡而出现腹泻，大便的性状与细菌侵袭的部位有关，病情可轻可重。
(二)非感染因素
1、饮食护理不当 多见于人工喂养儿。喂养不定时、不适当或以淀粉类食品为主食，或饮食中脂肪过多以及断奶后突然改变食物品种，均能引起轻～中度腹泻(消化不良)。气候突然变化，腹部受凉使肠蠕动增加;天气过热，消化液分泌减少;由于口渴，吸乳过多，增加消化道负担，均易诱发腹泻。大便为稀薄或蛋花汤样，无脓血和酸臭味，如不及时控制，易并发肠道感染。
2、过敏性腹泻：如对牛奶或大豆制品过敏而引起的腹泻。
3、原发性或继发性双糖酶(主要是乳糖酶)缺乏或活性降低，肠道对糖的吸收不良引起腹泻。
4、气候因素：气候突然变化、腹部受凉使肠蠕动增加;天气过热消化液分泌减少或由于口渴饮奶过多等都可以诱发消化功能紊乱导致腹泻。