引起头痛的病因众多，大致可分为原发性和继发性两类。前者不能归因于某一确切病因，也可称为特发性头痛，常见的如偏头痛、紧张型头痛;后者病因可涉及各种颅内病变如脑血管疾病、颅内感染、颅脑外伤，全身性疾病如发热、内环境紊乱以及滥用精神活性药物等。具体如下：
感染：颅脑感染或身体其他系统急性感染引发的发热性疾病。常引发头痛的颅脑感染如脑膜炎、脑膜脑炎、脑炎、脑脓肿、颅内寄生虫感染(如囊虫、包虫)等。急性感染如流行性感冒、肺炎等疾病。
血管病变：蛛网膜下隙出血、脑出血、脑血栓形成、脑栓塞、高血压脑病、脑供血不足、脑血管畸形等。
占位性病变：颅脑肿瘤、颅内转移癌、炎性脱髓鞘假瘤等引起颅内压增高引发的头痛。
头面、颈部神经病变：头面部支配神经痛：如三叉神经、舌咽神经及枕神经痛。头面五官科疾患如眼、耳、鼻和牙疾病所致的头痛。颈椎病及其他颈部疾病引发头颈不疼痛。
全身系统性疾病：高血压病、贫血、肺性脑病、中暑等引起头痛。
颅脑外伤：如脑震荡、脑挫伤、硬膜下血肿、颅内血肿、脑外伤后遗症。
毒物及药物中毒：如酒精、一氧化碳、有机磷、药物(如颠茄、水杨酸类)等中毒。
内环境紊乱及精神因素：月经期及绝经期头痛。神经症躯体化障碍及癔症性头痛。
其他：如偏头痛、丛集性头痛(组胺性头痛)、头痛型癫痫