一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。首先是脓水污染内裤，剧烈活动后可促使浓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤摩擦、瘙痒，非常痛苦，影像工作和学习，久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作也越加频繁，形成互为因果。
现代医学认为，肛瘘与肛周脓肿分别属于肛周间隙化脓性感染的两个不同阶段。其急性期就是肛周脓肿，而慢性期即为肛瘘。因此，可以说肛瘘是肛周脓肿发展的一种结局。
肛周脓肿是由肛腺感染后，炎症向肛管直肠周围间隙组织蔓延而发生的。肛腺的发育和功能主要受到人体性激素，特别是雄性激素的调节。由于雄性激素的作用可使皮脂腺与肛腺分泌旺盛，如果肛腺管阻塞，肛腺液排泄不畅而淤积，它就会感染而引起肛腺炎。这就是导致肛瘘的主要原因。
就男性而言，其体内分泌的雄激素往往要高出女性好几倍，所以肛瘘的发病率，男性高于女性，其比约为5—6。
如不及时治疗反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门正常生理功能，危及周围脏器，且有恶变倾向。