病因：
再障可由遗传异常所致，为先天性再障，如Fanconi贫血、先天性角化不良、先天性纯红细胞再生障碍性贫血等。但绝大多数患者是获得性的，在获得性再障中，部分可找到明确的原因：如物理的、化学的和生物因素等。放射治疗、细胞毒药物化疗、其他化学药物应用、病毒感染和某些疾病都可以引起再障的表现。但多数患者没有明显的原因，为特发性的，被认为机体自身免疫异常，对自身的造血细胞攻击有关。根据再障病因分类见表1。
表1再生障碍性贫血病因分类
遗传性再障
Fanconi贫血
先天性角化不良
Schwachman-Diamond综合征
获得性再障
继发性再障
药物和化学物质
放射线
病毒(EB病毒、肝炎病毒、微小病毒和艾滋病病毒等)
细菌(结核杆菌等)
免疫性疾病
阵发性睡眠性血红蛋白尿症
妊娠
混杂因素
特发性再障
约占全部病例的70%
大多数抗肿瘤化疗药在超过一定剂量时可以引起可逆性再障。
有些化学药物及毒物可能在一些特质性人群中引发再障，其中很多药物在临床上已很少使用。常见可能引起再障的药物如：解热止痛药(如非那西汀、阿司匹林，水杨酰胺等)、抗心律失常药(如奎尼丁、乙胺碘呋酮)、抗惊厥药、抗组胺药、抗高血压药(如巯甲丙脯酸，甲基多巴)、抗炎药(如青霉胺、保泰松、非类固醇药、布洛芬、萘普生等)、一些抗生素(如二甲氧苯青霉素、链霉素、B-内酰胺类抗生素、两性霉素、氟胞嘧啶、氯喹、乙胺嘧啶、磺胺药等)、抗血小板药(噻氯匹定)、抗甲状腺药(甲巯咪唑、甲基硫氧嘧啶、丙基硫氧嘧啶等)、镇静药及其衍生物(氯丙嗪和其他吩噻嗪)、利尿药、降血糖药及一些其他药物(如别嘌呤醇，干扰素等)。
再生障碍性贫血的病因及发病机制
有些药物所致再障是由于药物的细胞毒药理作用所致，与药物使用剂量有关，只要达到一定剂量在所有个体均可导致骨髓造血功能减低，是可预见的，且常是可逆性的;有些是不可预见的特质性的，和药物使用剂量关系不大，仅在个别患者发生造血功能障碍，多系药物的过敏反应，其导致的造血衰竭一般均呈持续性，极少自发缓解。
发病机制：
对再障的发病机制有一逐渐认识过程，大概归纳为以下三个方面：
(1)造血干细胞数量减少和内在缺陷，也可以理解为造血细胞的种子除了问题，不能生根发芽，形成正常的血细胞。
(2)造血微环境支持功能缺陷，好比患者造血种子生长需要的土壤状态不佳，不能支持造血干细胞的生长。
(3)异常免疫反应损伤造血干细胞：可以理解为各种免疫攻击，象害虫一样妨碍了造血干细胞的生长。大多数再障患者经免疫抑制治疗后，其自身造血功能可能得到改善，异基因骨髓移植(bonemarrowtransplantation，BMT)治疗重型再障需用免疫抑制剂作预处理才能植活，这些都为异常免疫反应损伤造血干细胞的发病机制提供了有利的证据。免疫损伤机制的研究，也为临床上治疗再障提供了理论依据。大多数获得性再障，为此种发病机制。