由于帕金森病呈进行性发展，故未经治疗者，一般在10年内因严重肌僵直和继发的关节僵硬而丧失活动能力，最终死于肺部感染、泌尿系感染及褥疮等并发症。对于初发症状或早期患者常选择药物治疗，由于帕金森病发病主要与黑质-纹状体多巴胺分泌减少有关，因此药物治疗主要是给予外源性多巴胺替代(美多巴)、多巴胺受体激动剂(溴隐亭)、酶抑制剂降低体内多巴胺的分解代谢(恩卡他朋、司来吉兰)、多巴胺对抗性神经递质的拮抗剂(美金刚)等。疾病早期给予低剂量的上述药物可有效控制患者的震颤、僵直、行动迟缓等症状(药物蜜月期，一般5年左右)，但随着患者病情的进展、长期服药产生的耐药性，及药物剂量加大后产生的副作用等，患者常不能耐受上述药物的治疗，甚至产生开关现象、日内波动现象、异动症状、冻结足、剂末现象等严重副作用，大部分患者此时会选择停药，因为患者自觉服药后的副作用比疾病本身的症状更难受。
手术是此时的唯一治疗措施，手术治疗的原理是：帕金森病患者黑质-纹状体的神经元的变性会导致神经通路的传导不平衡，具体为间接通路的过度激活和直接通路的过度抑制，手术治疗针对过度激活的间接通路施行相应核团的毁损术或高频电刺激术(即脑起搏器治疗)，使直接和间接通路之间达到新的平衡，临床症状得以缓解。神经外科常采用的核团有：丘脑底核、苍白球、丘脑腹中间核。一般丘脑底核常用来做脑起搏器治疗，对震颤、僵直、行动迟缓都有显著疗效，且僵直>震颤>行动迟缓。苍白球可选作毁损术或脑起搏器治疗，对改善僵直和行动迟缓为主的症候群疗效确切，僵直>行动迟缓>震颤。而丘脑腹中间核的毁损或脑起搏器治疗仅针对震颤为主的帕金森病患者，术后可使震颤完全停止。
手术过程：首先床边局麻下安装立体定向框架，送磁共振室行磁共振扫描，确定靶点坐标后送手术室行局麻下颅骨钻孔(直径1cm)，置入引导套管(直径1.0mm)，自引导套管放入微电极，记录并验证靶点的电活动，接着如行毁损术则自引导套管放入毁损电极行毁损治疗;如行脑起搏器治疗则植入颅内电极并妥善固定，再全麻后锁骨下埋植脉冲发生器并与颅内电极相连，术后两周左右开启脉冲发生器。一般毁损术手术时间约2小时，脑起搏器手术时间约3.5小时。手术中行毁损治疗或植入脉冲刺激器后患者明显感觉僵直的肢体变轻松，笨拙的动作变灵活。术后开启脉冲刺激器后患者术前症状约有90%以上缓解，配合少量药物服用，可使患者基本恢复正常，能进行正常的生活和学习。
目前帕金森病的手术治疗在国内外已广泛开展，并有上万例的成功经验，目前手术治疗是帕金森病的最终的、唯一的选择，这一点国内外神经科学学者都已达成共识。