无症状菌尿的治疗大多数的无症状菌尿不推荐使用抗菌药物治疗，因为无症状菌尿引起并发症的风险较低，用抗菌药物治疗不能阻止无症状菌尿的复发，并且可以促进体内的菌株产生耐药性。在一些例外情况下仍推荐进行适当治疗，根据具体情况应用适当抗菌药物。
无症菌治疗
（1）为治疗单位内由特别有毒力的微生物造成的院内感染，而作为控制性治疗方案的一部分；
（2）具有出现严重并发感染风险的患者（如粒细胞减少症、免疫抑制等）；
（3）泌尿系手术的患者；
（4患者由引起高菌血症发生率的菌株感染，例如粘质沙雷氏菌。
通常情况下，移除导管后，泌尿道将自动清除细菌。但是年龄较大的女性可能需要短期治疗，因为这些患者的菌尿可能不能自动清除。
上述例外情况主要是为了预防菌血症等的并发症的发生，并不在于根除无症状菌尿。若上述前提不存在，应参照一般情况处理，不推荐无根据地长期应用抗菌药物。