急性肾盂肾炎常累及肾间质，有发生菌血症的危险性，应选用在尿液及血液中均有较高浓度的抗菌药物。对于轻、中度患者可通过口服给药。而对于重度患者则应首先通过注射给药，待病情缓解后，可转为口服敏感抗菌药物治疗1-2周。其治疗原则是：①控制或预防全身脓毒症的发生；②消灭侵入的致病菌；③预防再发。
治疗后
在致病菌的特性和药敏试验结果尚不清楚情况下，不推荐选用氨苄西林或第一代头孢菌素作为急性肾盂肾炎开始治疗药物，因为现已发现大约有超过60%的大肠埃希菌对它们耐药。在大肠杆菌耐药率低于10％的地区，推荐使用喹诺酮类药物7-10天作为一线治疗方案。如果增加喹诺酮类药物的单次使用剂量，也可将疗程缩短到5天。对仅有轻度发热和(或)肋脊角叩痛的肾盂肾炎，或3日疗法治疗失败的下尿路感染患者，应口服有效抗菌药物14日。常用药物同短程疗法。如果治疗有效，则继续使用。如果用药后48～72小时仍未见效，则应根据药敏试验选用有效药物治疗。治疗后应追踪复查，如用药14日后仍有菌尿，则应根据药敏试验改药，再治疗6周。对发热超过38.5℃、肋脊角压痛、血白细胞升高等或出现严重的全身中毒症状、疑有菌血症者，首先应予以胃肠外给药（静脉滴注或肌肉注射），在退热72小时后，再改用口服抗菌药物（喹诺酮类、第二代或第三代头孢菌素类等）完成2周疗程。