自身免疫性甲状腺疾病女性比男性多见，甲状腺过氧化酶抗体阳性女性大多会发生甲状腺功能减退，抗体水平和疾病的程度平行。
自身免疫性甲状腺疾病
1、甲低
大多数成人的甲低源于腺体的自身抗体破坏，特别是甲状腺过氧化物酶抗体。
异常高的促甲状腺素(TSH)和异常低的甲状腺素水平就可以诊断临床甲低。妊娠合并严重的甲低不常见，可能因为甲低和不孕不育、流产率高有关。
2、亚临床甲低
亚临床甲低的诊断标准是血清促甲状腺素(TSH)水平升高同时甲状腺素水平正常。其中每年会有2-5%的进展成为临床甲低。遗传是个重要的风险因素。其他风险因素包括I型糖尿病和甲状腺过氧化酶抗体。
3、甲亢
因为孕早期会出现妊娠期甲亢，因此轻度的甲亢很难诊断。一些有提示作用的临床表现包括超出正常妊娠范围的心动过速,静息脉率增加，甲状腺增大，突眼，尽管进食很多体重不增，实验室化验证实血清游离T4水平增加伴促甲状腺素(TSH)水平明显降低。
妊娠期甲亢最多见的是Graves病，首选丙基硫氧嘧啶治疗，丙基硫氧嘧啶的用量是经验性的每日600mg，药物治疗的孕期女性其甲状腺恢复正常功能的平均时间是7-8周。如果7-8周尚未恢复正常需要增加剂量。因为用药期间可能出现白细胞减少或粒细胞缺乏，如果出现发热或嗓子痛，建议中断药物治疗并做全血细胞化验。
孕期放射性碘治疗是禁忌，治疗母体甲状腺疾病的治疗剂量也能导致胎儿甲状腺腺体受到损害。如果怀孕不经意用了多数医生建议终止妊娠。如果坚持保留妊娠那么暴露的婴儿都要仔细评估有无甲状腺功能低下。胎儿甲状腺功能低下的发生率取决于暴露孕周和放射性碘的用量。
4、亚临床甲亢
它的特点是异常低的血清促甲状腺(TSH)浓度，但是甲状腺素(T4)水平正常。约一半的病例最终恢复正常的促甲状腺水平。受累的患者要定期监测甲功。
妊娠结局甲亢女性的妊娠结局取决于高代谢是否控制。如果不治疗，发生自然流产、子痫前期、胎儿宫内发育受限、心衰、水肿、不良围产期结局的几率很高。治疗后大多围产儿甲功正常。有时候甲亢或甲低也会发生。北京市常规做新生儿足跟血筛查新生儿甲状腺功能。