一般来说，单发结节如果是实性结节，无论有没有包膜或钙化及血流异常，超过1厘米就有了外科可以手术的指征，如果不到1厘米，但超声显示结节形态不规则，有钙化或血流异常，也应该手术治疗。如果结节是单纯性的囊肿，则可以放宽到3厘米左右再手术，因为再大就会出现压迫症状，并可能给将来手术带来困难和增加损伤几率。另外如果结节是高功能性质的，无论大小都应该手术。福建省第二人民医院普通外科王鸿程
对于多发结节来讲，手术指征可以放宽一些，如果超声检查没有异常征象，实性的最大结节可以大于1-2厘米，另外还要看有没有压迫症状，如出现有憋气或吞咽困难等话最好早做手术。如其中任何一个结节出现有钙化或血流异常，就等同于单发结节，也应该手术。对于正在进行药物治疗者，在治疗期间结节不见小反而增大增多或出现变化者应该停药手术。对于甲亢患者，在内科治疗后出现结节也应该手术治疗。巨大结节性甲状腺肿或胸骨后甲状腺肿都应该手术治疗。对于以前做过甲状腺手术现在复发者来讲，是否再次手术也可参考上述指征。
对于既往头颈部曾做过放射治疗、有甲状腺髓样癌或多发性内分泌瘤Ⅱ型家族史、年龄<20岁或>65岁、男性、结节短期内增长较快或突然增大、结节硬而且边缘不清、结节固定不动、有颈部淋巴结肿大、有声嘶、咳嗽、吞咽困难、呼吸困难等症状者，无论结节大小或多少，都应尽早手术治疗。