便秘一方面是引起肛裂的原因，另一方面又是肛裂的症状。其主要临床表现为：
1.疼痛：疼痛是肛裂的主要症状。其程度非常剧烈，难以忍受，就像撕裂或刀割样剧痛，特别是排干便后。肛裂的疼痛除程度剧烈外，还有周期性和间歇性的特点。大便时由于开头粪块干燥，扩张肛门，肛裂创面受到撕裂引起剧痛，几分钟后缓解，经过短时间的疼痛缓解期，接着出现因肛门括约肌收缩痉挛而产生剧烈疼痛，可持续数小时至十余小时，一直要到肛门括约肌疲劳松弛后疼痛才会消失。这种从排便→疼痛→缓解→长时间疼痛的过程是肛裂独有的特点，病程越长越明显。
2.出血：大便时由于创面撕裂可引起出血，血色鲜红，量不太多，呈点滴状，大便结束后可自然停止。
3.发紧：粪便干燥在肛门部不易排出，这就是因为经常反复撕裂使肛门裂口加深，经久不愈，创面下纤维组织增生而形成疤痕，致使肛门的舒张程度受到限制，所以肛门就变紧了，在临床上病人常常讲肛门"变小"了，我们在检查病人时也可发现病人的肛门紧缩，就是打了麻醉后指诊时还有一种紧缩感。
由于病人害怕疼痛，对大便都有一种恐惧感，想拖延大便间隔时间减少疼痛，但这样做适得其反。因为间隔时间越长，粪便越干，对裂口的撕裂越厉害，引起的疼痛更剧烈，形成恶性循环。这种每大便一次就疼痛一次的周期性，也是肛裂的疼痛特点。