有相当一部分慢性乙肝需要至少两年以上的长期治疗，其中100%的e抗原阴性患者需长期治疗。
近期有关调查显示，超过五成的患者对治疗的预期过高，想通过治疗彻底治愈乙肝;正在接受抗病毒治疗的乙肝患者中，仅有65%的人愿意承受3年以内的治疗。这种“急性子治慢性病”的不正确态度，导致慢性乙肝患者不能树立理性的治疗目标，选择治疗方法时常不切实际、急于求成，检测指标稍有波动就恐慌焦虑、悲观失望，不能积极配合医生的治疗方案，反而影响了治疗效果。
还有部分患者“有病乱投医”，造成上当受骗，以至病情反复、生活质量下降。事实上，只要患者有正确的治疗态度和理性的治疗目标，现有的治疗手段是能够为他们回归正常工作、学习和生活提供治疗保障的。
慢性乙肝的治疗目标分为近期目标和远期目标:近期目标指抗病毒治疗取得乙肝病毒DNA转阴，e抗原血清学转换，ALT复常等;远期目标指通过维持应答，最大限度地长期抑制乙肝病毒，延缓、阻止疾病进展，改善生活质量和延长存活时间。
日前在中国香港召开的亚太肝病学会年会上公布的慢性乙肝治疗药物恩替卡韦片的最新临床试验数据显示:57例核苷初治的慢性乙肝患者接受治疗3至7年后，96%的患者肝脏炎症明显减轻，88%的患者肝纤维化有明显减退;其中晚期重度肝纤维化患者的组织学都得到了改善。
需要强调的是100%患者在进行肝活检时乙肝病毒DNA都小于300拷贝/毫升。因此，核苷初治的患者，选择合适的药物可以最大限度地预防耐药的发生，而初治时机对慢性乙肝治疗是非常重要的。