由于主要症状是从肛门周围皮肤上的疮口内不断地向外流脓和脓血，就像破房子经常漏水一样，我们的祖先就把这种病命名为“瘘”。专家总结说，肛瘘发作一般有如下症状：
1.流脓。肛瘘的初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
2.疼痛。肛瘘畅通时一般无疼痛感，仅有局部坠胀感，但也有因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是排便或有炎症时疼痛加剧。
3.瘙痒。因脓液不断刺激肛门周围皮肤可引起肛周瘙痒症，也可伴发肛周湿疹。
4.全身症状。急性炎症期或慢性复杂性肛瘘，可伴有全身症状，如发热、贫血、消瘦和食欲不振等。