肛瘘初期虽以流脓流粪、疼痛为主要症状，但长期不治，也会出现排便不畅的症状，而排便不畅症状的出现通常预示着肛瘘病情的复杂。
肛瘘的临床症状比较多，最常见的有五种典型症状：
1.流脓是常见的肛瘘症状：脓液的多少，因瘘管的长短、大小而不同。新生成的肛瘘流脓较多，脓稠，味臭，色黄，以后逐渐减少，时有时无，呈白色，质稀淡。如忽然脓液增多，表示有新瘘管生成。有时外口暂时封闭，流脓停止，体温上升，局部肿胀，再度形成脓肿。封闭的外口再穿破或形成另一新外口，又有脓液流出。内外瘘粗大者，有时粪便和气体由外口流出。
2.肛瘘症状还表现在疼痛：如瘘管引流通畅，一般不感疼痛，仅感觉在外口部位发胀不适，行走时加重。
3.瘙痒：肛门周围皮肤因分泌物经常刺激，感觉潮湿搔痒，可出现皮肤变色，表皮脱落。
4.排便不畅属于常见的肛瘘症状：多见于蹄铁形肛瘘，因瘘管围绕肛管，形成半环状纤维索环，因而影响肛门舒张，可出现排便不畅。
5.全身症状：一般肛瘘症状瘘常无全身症状，但复杂性肛瘘和结核性肛瘘，因病期长，有的带病数十年，常出现身体消瘦、贫血、便秘和排便困难等症状;如继发感染，再发脓肿时，则出现脓肿的症状。