肛瘘内口是原发病灶部位，定位不清必然造成治疗上失败，因为切除或切开内口是治愈肛瘘的关键。寻找和确定的肛瘘内口的方法有：
(1)探针检查 先于肛门内插入手指，用银质园头探针，由外口沿管道向肠腔方向轻轻探入，完全性肛瘘，肠腔内手指在齿线附近可摸到探针确定内口，探时切忌盲目用力，免成假道，使感染扩散。
(2)肛镜检查 直视下看到齿线全部，内口常在红肿发炎的肛瘘，有分泌物，对可疑的肛隐窝可用银质园头探针探入。
(3)手术检查 切开瘘道，沿瘘道寻找内口，一般容易找到。
(4)染色检查 将干纱布放入直肠内，将美兰1～2ml由外口徐徐注入，然后拉出纱布，如有染色，即证明有内口存在。
流脓是主要症状，脓液多少与瘘管长短、多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消失。由于引流不畅，脓肿反复发作，也可溃破出现多个外口。较大较高位的肛瘘，常有粪便或气体从外口排出。检查时外口常为一乳头状突起或是肉芽组织的隆起，挤压有少量脓液排出，多为单一外口，在肛门附近。也有多个外口，外口之间皮下瘘管相通，皮肤发硬并萎缩。也有多个外口位于两侧，瘘管成“马蹄形”，直肠指诊在病变区可触及硬结或条索状物，有触痛，随索状物向上探索，有时可扪及内口。若外口不整齐，不隆起，有潜行边缘，肉芽灰白色或有干酪样稀薄分泌物，应怀疑为结核性肛瘘。