由于根治切除术后随访密切，故常检测到“亚临床期”复发的小肝癌，乃以再手术为首选，第二次手术后五年生存率仍可达38.7%。肝移植术虽不失为治疗肝癌的一种方法，国外报道较多，但在治疗肝癌中的地位长期未得到证实，术后长期免疫抑制剂的应用，病人常死于复发。对发展中国家而言，由于供体来源及费用问题近年仍难以推广。
外科手术是治疗原发性肝癌的一种方法。如果肝脏只有一部份有癌肿，其余部份情况良好，并未硬化，医生会考虑动手术，切除癌肿的部份，称为肝脏切除如果切除其中一叶肝脏，则称为叶切除。肝脏具有惊人的自我修复能力。即使被切去四分之三，也能够迅速地重新生长。由于肝癌发病比较隐匿，发现多属晚期，已失去了手术的最佳时间，多采用中西医结合治疗。
１.姑息性外科治疗
适于较大肿瘤或散在分布或靠近大血管区，或合并肝硬化限制而无法切除者，方法有肝动脉结扎和(或)肝动脉插管化疗、冷冻、激光治疗、微波治疗，术中肝动脉栓塞治疗或无水酒精瘤内注射等，有时可使肿瘤缩小，血清AFP下降，为二步切除提供机会。
２.肝癌的手术治疗方法
肝癌的治疗仍以手术切除为首选，早期切除是提高生存率的关键，肿瘤越小，五年生存率越高。手术适应证为：
①无明显黄疸、腹水或远处转移者;
②诊断明确，估计病变局限于一叶或半肝者;
③心、肝、肾功能耐受者。
④肝功能代偿尚好，凝血酶时间不低于50%者;
在肝功能正常者肝切除量不超过70%;中度肝硬化者不超过50%，或仅能作左半肝切除;严重肝硬化者不能作肝叶切除。手术和病理证实约80%以上肝癌合并肝硬化，公认以局部切除代替规则性肝叶切除无期效果相同，而术后肝功能紊乱减轻，手术死亡率亦降低。由于根治切除仍有相当高的复发率，故术后宜定期复查AFP及超声显象以监察复发。