鼻咽癌的病因可能与下列因素有关：
①EB病毒感染
全世界大部分人在儿童时期均感染过EBV，但只有少部分人成年后有鼻咽癌的发生。EBV致病机理尚不完全清楚。机体免疫系统对EBV感染的控制作用及EBV逃避机体免疫应答的机制，是研究的重点。机体免疫系统对EBV感染的控制作用主要通过细胞免疫来实现，近几年研究表明，EBV不仅能感染B淋巴细胞，还能感染T和/或NK细胞，并产生大量的细胞因子I。
②环境与饮食
环境因素也是诱发鼻咽癌的一种原因，在广东调查发现，鼻咽癌高发区的大米和水中的微量元素镍的含量较低发区高，在鼻咽癌患者的头发中镍的含量亦较低发区高。动物实验表明：镍能1促进亚硝胺诱发鼻咽癌。也有报道说，食用咸鱼及腌制食物疾病是中国南方鼻咽癌高危因素，且与食咸鱼的年龄、食用的期限额度及烹调方法也有关。
③遗传因素
鼻咽癌病人有种族及家族聚集现象，如居住在其他国家的中国南方人后代仍保持着较高的鼻咽癌发病率，这提示鼻咽癌可能是遗传性食物疾病。