扁平疣由HPV-3、HPV-5等型引起，因其主要侵犯青少年，故又称青年扁平疣，俗称“扁瘊”，其由于数量多，不容易彻底根除，复发率很高。
扁平疣，一般不痛不痒，有时微痒.病程较慢，有的可自然消退.但对爱面子的现代人来说，也很恼人。在临床工作中，我们经常见到有些患者自己乱治，非但没有效果，反而适得其反的情况。专家提出治疗扁平疣不主张手术切除、不建议用腐蚀性药物等三大原则：
1.扁平疣和色素痣不同，疣的治疗不主张手术切除。这是因为，手术往往切不干净，很容易复发，并且遗留瘢痕，为继续治疗带来更大难度。
2.扁平疣的治疗不建议用腐蚀性药物，因为多数疣在1—2年会自然消退，民间故有“千日疣”一说;且即使使用腐蚀性药物，疣仍有复发的可能。特别是面部的疣，会留下瘢痕，影响美容。
3.患者若要治疗扁平疣，必须到正规医院相关科室，不能相信民间说法。有的人说寻常疣要“拔刺”，有的人用细线或头发丝勒断丝状疣，都是不可取的。其后果，轻的无效且会复发，重的会继发感染。
根据临床研究得出，针对不同类型的疣，治疗方法各不相同。传染性软疣的治疗主要是将损害中的软疣小体完全挤出，然后涂以2%碘酊即可。亦可通过冷冻或5%碘酊外涂使皮损逐渐干燥、脱落，达到治愈。治疗同时要注意消毒患者的衣被，有些病人往往由于治疗不彻底或衣被消毒不干净而再发或长时间不愈。对于继发细菌感染的，要先治细菌感染，再治软疣。寻常疣的治疗方法很多，包括抗病毒及免疫调节剂，可肌肉注射抗病毒或免疫增强剂如聚肌胞注射液等;局部可使用5%5-氟尿嘧啶软膏、10%水杨酸软膏、复方苯甲酸火棉胶涂剂、斑蝥酊、疱疹净霜等;还可以进行冷冻、激光、电灼。