便秘还有一些严重的危害，如在结肠癌、肝性脑病(肝昏迷)、尿毒症、乳腺病、老年性痴呆等的发病中，都有重要作用。急性心肌梗死、脑血管意外时，患者甚至可因便秘失去生命。
需要特别指出来的是，有些便秘的背后隐藏着重要疾病。由于便秘很常见，有些重要疾病易被患者忽略，甚至失去治疗时机。这些疾病伴随便秘会出现种种“警报”。
便血或黑便
可表现为黑便、便后滴血或鲜血便，血可与粪便混或不混，主要视出血部位高低、出血量多少而定。黑便提示出血部位较高(离肛门远)。不论哪一种出血，都说明病变处血管有破裂，轻者为痔核、肛裂或黏膜损伤，重者可能是息肉、炎症、溃疡或肿瘤。
贫血
明显便血，久之引起贫血容易查出，危险的是小量但长期出血(隐性出血)，肉眼难以辨出，除非作大便隐血试验才会发现出血。还因为是慢性失血，病人常能适应而无不适感觉。除失血外，肿瘤毒素对造血系统的抑制，也是造成部分患者贫血的原因。贫血较多见于胃、结肠肿瘤。
消瘦
明显的或进行性消瘦，应高度怀疑肿瘤的存在。也有的消瘦是因原发病(如神经系统疾病)引起的厌食与消耗所致。
发热
单纯便秘不至于发热，便秘病人如经较长时间的反复测量确有发热，特别是不规则低热，提示有慢性炎症(如肠结核等)或肿瘤，不过首先应排除其他常见发热原因(如五官科病变、妇科炎症、泌尿系炎症等)。肿瘤组织代谢加快，其产物对机体的刺激也是发热原因。
腹痛
不少患者排便之前常有轻微左下腹疼痛，多于排便后消失。但若腹痛持续存在，程度重，排便后不消失，提示肠道有阻塞的可能，常由肿瘤、肠道粘连或神经肌肉病变引起。
包块
一种是包块随腹痛出现，痛后消失，质软如囊，这多为胀大的肠管的一部分。另一种为实质性包块，或固定推不动，或可部分移动，前者说明病变浸润范围较广。